孟買：癌症基因組圖譜 (TCGA) 不僅擴大了癌症研究，還改寫了規則書。他已經證明，不同器官中的腫瘤比同一乳腺或肺部的腫瘤有更多的共同點。隨著藥物追踪數據，分類不斷發展，生存曲線也發生變化。但精準腫瘤學仍然存在盲點，隨著越來越多的南亞人基本上被 TCGA 遺漏，印度面臨著一個嚴峻的選擇：創建自己的基因組證據，或者依賴可能無法完全服務其患者的進口見解。
在最近舉行的 ETHealthworld 印度腫瘤學領導峰會上，CSIR – 基因組學和綜合生物學研究所 (IGIB) 教授 Shantanu Chaudhary 博士； Sanjiva Srivastava 博士，印度理工學院孟買分校教授、Proteomica International 創始人；以及 Nanavati Max 癌症護理研究所腫瘤內科首席主任 Muzammil Sheikh 博士。主持會議的高級副編輯 Prathibha Raju 討論了 TCGA 是否已經讓印度走得足夠遠，以及印度癌症基因組學的下一階段應該是什麼樣子。
TCGA 從根本上重塑了世界對癌症的理解。通過破譯 33 種癌症類型腫瘤的分子基礎，TCGA 小組已將腫瘤學從一門以器官為中心的學科轉變為一門由遺傳途徑驅動的學科。更大的問題是，這一歷史性的全球倡議使印度從發現癌症到現實世界的癌症治療走了多遠。
Chowdhury 博士在討論開始時談到了 TCGA 的持久科學影響，並表示：“TCGA 表明遺傳學以及人的遺傳學比器官命名更重要，從根本上改變了我們理解癌症的方式。”
憑藉二十多年的研究經驗，他強調癌症生物學不能再被視為一個一刀切的問題。 “如果你不了解撒旦，你就不知道他的致命弱點在哪裡——你想要干預的點在哪裡。”
他指出，在TCGA時代之前，化療方案（例如鉑類療法）被廣泛使用，並且往往具有嚴重毒性的特點。 “隨著時間的推移，TCGA 向我們表明遺傳學很重要，”他說，並補充說該項目也暴露了其自身的局限性。 “TCGA 在南亞和印度的代表性明顯不足。如果癌症的核心是遺傳性的，那麼我們從西方隊列中學到的知識就不能盲目應用在這裡。”
TCGA 最深遠的貢獻之一是泛癌觀點，即不同器官之間的共同分子迴路可能會被破壞。 “TCGA 告訴我們的是，不同組織中相似的基因迴路可能會被破壞，”Chowdhury 博士解釋道。 “該部門並不關心它屬於哪個成員。”雖然器官特異性因素仍然相關，但針對跨組織的共同途徑正日益成為治療現實。
隨著研究變得更加詳細，複雜性也隨之增加。 “癌症越來越需要了解每種腫瘤的遺傳學，而每種腫瘤可能非常不同，”他說。 “事實上，腫瘤是一個腫瘤星系。”他說，這就是為什麼深入研究支持個性化腫瘤學概念，以及為什麼新藥發現必須繼續超越已知途徑。
雖然 TCGA 提供了基因組藍圖，但將基因轉化為功能需要另一層生物學。為了解決這一差距，Srivastava 博士強調了蛋白質組學的作用。 “基因組學為我們提供了藍圖，但蛋白質告訴我們細胞中實際發生了什麼，”他說。 “這就是蛋白質超越 TCGA 的地方。”
Srivastava 博士提到 TCGA 進行的早期膠質母細胞瘤研究，解釋了臨床蛋白質組腫瘤分析聯盟 (CPTAC) 如何發展以增加功能洞察力。 “在神經膠質瘤中，僅靠基因組學無法正確分類大約 30% 的患者，”他指出。
“蛋白質組學揭示了清晰的模式，特別是在復發性腫瘤中，包括激酶活性和翻譯後修飾。”他說，基因組學繪製了景觀圖，而蛋白質組學則揭示了哪些途徑是活躍的，因此是可操作的。
更重要的是，斯里瓦斯塔瓦博士認為印度正處於戰略轉折點。 “印度有機會避免美國所犯的錯誤，美國在基因組學之後等待了十年才添加蛋白質，”他說。 “如果我們從頭開始將基因組學和蛋白質組學結合到同一樣本上，數據的價值就會翻倍。”
Shaikh 博士在診所中將 TCGA 描述為具有變革性的。 “從醫生的角度來看，TCGA 已經改變了遊戲規則，”他說。 “我們對癌症生物學的理解顯著加深——我們現在知道肺癌或乳腺癌不是一種疾病。”
分子分層已經為患者帶來了切實的好處。 “TCGA 促進了藥物的開發，改變了患者的治療結果，”Sheikh 博士指出。 “IV 期 ALK 陽性肺癌現在的五年生存率約為 75%。”然而，他警告說，解釋數據仍然是一個挑戰，特別是對於在全球數據集中代表性不足的南亞人口而言。
2022 年推出的印度乳腺基因組圖譜 (IBGCA) 正是試圖解決這一差距。 Chowdhury 博士在解釋這一舉措時表示：“使用 TCGA 數據開發的一些測試在美國和英國效果非常好，但對印度患者卻無效。這是啟動該項目的主要動機。”
該聯盟由印度各地的 10 家醫院組成，已對約 800 個正常腫瘤基因組進行了測序，並進行了完整的臨床隨訪。 “我們正在對印度患者進行測序，分析印度數據，並從頭到尾在印度進行計算，”他說。早期結果表明，西方隊列中報告的複發和轉移特徵並不完全適用於印度患者。
他強調，最終目標是產生廣泛的臨床影響。 “歸根結底，你無法對患者進行 NGS 測試，”喬杜里博士說。 “你提供了一種小型的、負擔得起的生物標誌物測試——這就是這項研究的最終目的。”通過將結果縮小到 20-25 個基因組並使用源自患者的類器官進行驗證，該團隊旨在以經濟有效的方式預測對治療（包括免疫療法）的反應。
儘管這些努力代表著向前邁出的重要一步，但委員會一致認為印度的癌症基因組學之旅才剛剛開始。 Chaudhry博士提醒觀眾，TCGA並非一朝一夕就能取得突破。 “TCGA 五年後才成為藥物，”他說。 “這需要多年的努力、臨床試驗和驗證。印度必須採取同樣困難的步驟，沒有捷徑。”
