直到今天，古代丹尼索瓦人的 DNA 仍然塑造著人類的免疫力

儘管南太平洋地區人口極為多樣化，但該地區的人口歷來在大型遺傳研究中代表性不足。許多基因組學研究都集中在歐洲血統的人群上，而有關人類歷史和生物學的重要問題卻沒有得到解答。

「大洋洲人口的嚴重不足限制了我們對人類進化的理解，並且隨著基因組研究被用來開發新的醫學治療方法，可能會加劇健康不平等，」耶魯大學藝術與科學學院人類學助理教授、耶魯大學人類進化基因組學實驗室首席研究員塞雷娜·圖奇(Serena Tucci)說。 “為了填補這一空白，我的研究團隊啟動了一個大型項目，以擴大對人類遺傳多樣性的了解，包括從滅絕的古人類遺傳而來的遺傳變異。”

6月11日發表在雜誌上 科學該研究強調了從已滅絕的人類親屬繼承的 DNA 如何繼續影響現代人類的生物學、健康和生存。

大洋洲基因組揭示了古代人類歷史

為了進行這項研究，研究人員對來自近大洋洲、西南太平洋地區（包括巴布亞紐幾內亞、俾斯麥群島和所羅門群島）12個人群的177人的基因組進行了測序。他們將這些數據與先前發表的 1,284 個來自世界各地人群的基因組結合。

透過研究至少 45,000 年前抵達太平洋地區的第一批人類的遺傳歷史，研究小組揭示了有關人類進化和適應的新細節。最令人驚訝的發現之一是有證據表明，附近海洋居民的祖先與至少三個與丹尼索瓦人相關的不同群體進行了雜交，丹尼索瓦人是一種已滅絕的人類親戚，首次從西伯利亞發現的化石遺骸中發現。

圖奇說：「先前的研究表明，從尼安德特人和丹尼索瓦人等已滅絕的古人類那裡繼承的 DNA 仍然存在並廣泛存在於當前人類的基因組中。」「透過這項研究，我們已經超越了簡單地『復活』這種 DNA，而是有效地展示了基因如何打開和關閉，這改變了遊戲規則。這種 DNA 不僅僅是古代生物學聯繫的殘餘，它仍然影響著我們今天的生物。

丹尼索瓦人 DNA 繼續影響人類生物學

研究人員表示，古代人類和丹尼索瓦人之間的雜交留下了一些至今仍存在於人類身上的基因變異。其中一些變體繼續在人體中發揮功能作用。

為了研究它們的影響，該團隊使用了一種先進的基因組方法，稱為大規模平行報告分析。這項技術使研究人員能夠直接測試遺傳性遺傳變異如何影響基因活性。分析發現了超過 3,100 個改變基因表現的變異。

這些結果提供了迄今為止最有力的證據，顯示丹尼索瓦人的適應性遺傳變異在現代人類中仍然具有生物活性。

其中許多變異與幹擾素γ訊號通路有關，幹擾素γ訊號通路是免疫系統的關鍵部分，有助於保護身體免受傳染病的侵害。

該研究的第一作者、耶魯大學人類學係人類進化基因組學實驗室的副研究科學家帕特里克·賴利（Patrick Reilly）表示：“來自已滅絕的人類——丹尼索瓦人和尼安德特人的 DNA 有助於促進人類適應遷徙到世界這一地區時遇到的多樣化環境。” 「在整個人類進化過程中，病原體是最強的選擇壓力之一——影響我們生存能力的環境因素。我們發現的證據表明，從丹尼索瓦人繼承的基因增強了對古代人類在附近大洋洲遇到的病毒和細菌的免疫力。”

與免疫和骨骼發育相關的古老基因

研究還發現證據顯示丹尼索瓦人 DNA 有助於骨骼生長。研究人員在 TRPS1 基因中發現了丹尼索瓦人的適應性變異。

有趣的是，相同的基因在中部非洲的雨林和厄瓜多爾的高地人群中經歷了強烈的正向選擇。這項發現表明，演化如何能夠反覆促進生活在世界不同地區的不同人群的類似適應。

「雖然丹尼索瓦人幾千年前就從地球上消失了，但這項研究證明我們的歷史仍然深深地交織在一起，」圖奇說。

研究合著者包括耶魯大學人類演化基因組實驗室的 Daniela Tejada Martinez、Samantha L. Miller、Audrey Tjahjadi、Zhang Liu 和 Alyssa Boehmer；耶魯大學醫學院的 Stephen Rung、Jared Akers、Margaret E. Prentice 和 Stephen K. Riley；賓厄姆頓大學的 D.Herio）, Friedland Andrew Merio； Friedlander；和巴布亞紐幾內亞醫學研究所的 George Koki。

研究的經費由美國國立普通醫學科學研究所和美國國立衛生研究院國家人類基因組研究所提供。