奧馬哈內布拉斯加州醫學中心基因和細胞治療醫學主任馬特·倫寧表示，在治療危及生命的癌症時，引起繼發性癌症可能是可以接受的風險，但對於自體免疫來說可能不是這樣。如何平衡自體免疫疾病的影響（其嚴重程度差異很大）與難以衡量的未來副作用或癌症的風險之間的風險仍然是一個重要的懸而未決的問題。
研究人員目前正在研究第二代和第三代 CAR T 版本，他們希望這對癌症和自體免疫疾病來說更加安全。例如，北卡羅來納大學教堂山分校的神經肌肉神經學家 James Howard 正在測試來自 Cartesian Therapeutics 公司的 CAR 編碼技術。 mRNA分子Covid-19 疫苗中使用短壽命基因信使取代長壽命 DNA。只要 mRNA 存在，CAR T 細胞就必須破壞 B 細胞，然後失去靶向 B 細胞的能力。由於基因改造的 T 細胞沒有機會長期存活，因此應該不存在罹患癌症的風險。
笛卡爾方法的另一個優點是：醫生向這些 T 細胞注射足夠數量的 T 細胞，使其不需要在患者體內增殖，Howard 認為這可以降低發炎的風險。在最近的一項試驗中，15 名患有自體免疫疾病的人接受了笛卡爾 CAR T 療法；三分之二的人症狀有所改善 沒有人遭受嚴重的長期副作用。
CAR T標籤休克的治療
除了副作用之外，CAR T 療法面臨的另一個主要挑戰是其價格，其價格高達數十萬美元，包括住院費用、細胞工程和其他費用。
如果科學家能夠消除對每個患者自己的細胞進行個人化工程的需要，而是使用供體細胞或省去在實驗室設計和培養細胞的步驟，那麼治療可能會更便宜、更簡單。倫寧表示遵循新程序來取代人體 T 細胞 在自己的身體裡 而不是在實驗室裡做基因工程。
